Au Japon, durant les années 1870, le Capitaine Nathan Algren est embauché par l'Empereur pour enseigner l’art de la guerre moderne à la première armée du pays. Tandis que l'Empereur tente d’éliminer les samouraïs impériaux d’autrefois dans le but de créer une politique gouvernementale plus occidentalisée et propice au commerce, Algren se retrouve au cœur d'une lutte entre deux ères et deux univers, avec, comme seul guide, son propre sens de l’honneur.